La Historia empieza cuando Harry es dejado en la casa de sus tíos, los Dursley por Rubeus Hagrid, Albus Dumbledore y Minerva McGonnagall.
Allí mencionan que Lord Voldemort, el mago más tenebroso de esos tiempos Había sido vencido, luego de intentar matar a Harry Potter. Harry sobrevivió a la maldición asesina, con no otra secuela que una cicatriz con forma de rayo en la frente. Como consecuencia de los actos de Voldemort, los padres de Harry, Lily y James, Habían muerto, y por eso Harry debía quedarse con sus tíos el libro continúa diez años después, donde vemos que Harry no es nada feliz con sus tíos, ni sabe que es mago. Los Dursley malcrían a su hijo Dudley mientras que a Harry lo tratan como un sirviente.
Harry sospecha que es especial, y mas cuando en el cumpleaños de Dudley, en un zoológico, hace desaparecer un cristal, haciendo caer a su primo en una jaula con una Boa Constrictora.
Poco antes de su cumpleaños Harry recibe una carta de Hogwarts, pero no logra abrirla a causa de su tío, que no quiere que el chico se entere de que puede hacer magia. Los esfuerzos de Vernon no prosperan, y siguen llegando cartas, traídas extrañamente por lechuzas. Para que no haya mas disturbios con las cartas, la familia Dursley con Harry se mudan a una casita en una islita.
El día de cumpleaños de Harry, todavía en esa casita, llega el gigantesco Hagrid a entregarle la carta personalmente, y a desearle feliz cumpleaños. Vernon se tiene que dar por vencido, y Harry se entera de toda la verdad.
La carta decía que Harry estaba invitado a participar del primer año en el Colegio Hogwarts de Magia y Hechizería. Harry se entusiasma por salir de su vida como muggle, de escaparse de los Dursley, a un lugar donde todos serían como el.
Hagrid lleva a Harry al Callejon Diagon a comprar sus cosas para el colegio. Harry, con el Guardian de Llaves de Hogwarts, va al banco de los magos, Gringotts, donde descubre que sus padres le habían dejado una gran fortuna. Luego, por “asuntos de Hogwarts” van a la cámara 713 y Hagrid se lleva un paquete misterioso… Harry compra una varita, libros, y Hagrid le regala a Hedwig, una lechuza.
Luego empieza el año en Hogwarts.
Al llegar Harry descubre que hay cuatro casas; Gryffindor, Slytherin, Ravenclaw y Hufflepuff, y que va a ser asignador a una. Ron Weasley, un chico que había conocido en el tren que los llevaba al Colegio, le dice que en Slytherin estaban los magos malos, y Harry desea no entrar a esa casa. Finalmente termina con Ronald en Gryffindor, y el que acaba en Slytherin es Draco Malfoy, un chico que había insultado a Ron. El director de Hogwarts, Dumbledore, dice que ese año no se iba a poder entrar en un cuarto del tercer piso. Allí cursa materias antes desconocidas para él, como Pociones, con el Profesor Snape, Defensa Contra las Artes Oscuras, con el Profesor Quirrell, Encantamientos, Transformaciones, y otras más. Harry conoce a Ron Weasley, y se hacen muy amigos. Luego de vencer a un troll en Halloween, Harry se hace otra mejor amiga; Hermione Granger.
En Navidad, Harry recibe anónimamente una capa invisible, que oculta a la vista de los demás al que la usa. Una nota dice que era de su padre, y que la utilice bien.
Harry encuentra un espejo, llamado espejo de Oesed. Muestra el más grande deseo de la persona que lo ve; Harry ve en el espejo a sus padres y a toda su familia. Dumbledore le dice que ese espejo muestra el deseo de la persona, pero que pronto será llevado a otra parte, dada a la adicción que provoca.
Harry, Neville Longbottom y Hermione llegan por accidente al prohibido tercer piso, donde encuentran un perro de tres cabezas.
Una noche Harry, Hermione, Neville y Malfoy quedan castigados porque los dos primeros habían visitado a Hagrid, Malfoy los estaba espíando y Neville les iba a avisar a los dos amigos lo que hacía Draco y Filch los atrapó a todos. Como castigo tuvieron que ir al Bosque Prohibido con Hagrid.
En el bosque encontraron sangre de unicornio y Hagrid les dijo que is la tomabas te servia para seguir viviendo. Luego Harry ve a alguien bebiendo de un unicornio, y cai lo ataca pero fue salvado por el Centauro Firenze.
El centauro le revela que en el colegio tienen la piedra filosofal, una piedra que da vida eterna. Dice que Voldemort era el que estaba tomando eso. Harry se da cuenta que Fluffy (el perro de tres cabezas, que es de Hagrid) vigila una puerta trampa que hay bajo su cuerpo. Al parecer, está cuidando algo. Harry, Ron y Hermione estaban seguros de que la Piedra Filosofal era lo que estaba cuidando el Perro. El acontecimiento del Troll, y otras cosas más, hacen sospechar al Trío que Snape quiere robar la piedra, y hacer el Elixir para revivir a Voldemort.
Un día Hagrid les dice accidentalmente como dormir a Fluffy, y Harry, sabiendo que Snape había ido a robar la Piedra, junto con Hermione y Ron, se encamina al tercer piso. En el camino se encuentran con Neville, que trata de detenerlos, sin éxito. Al llegar con Fluffy se encuentran con que se durmio con un arpa que se tocaba sola, y logran bajar por la puerta trampa. Alli abajo se encuentran con una serie de pruebas como un ajedrez gigante y un acertijo de ingenio de pociones. Al final, Harry queda solo para ir a enfrentas a Snape.
Harry entra al ultimo cuarto, donde se encuentra con Quirrell. Asi es, no era Snape, era el Profesor Quirrell. Él había soltado al troll, y embrujado la escoba de Harry en otra ocasión. El Maestro de Defensa se estaba mirando al espejo de Oesed. Una voz aparece de la nada. ¡Usa al muchacho!, dice la voz. Quirrell se saca el turbante de su cabeza, y donde debería estar su nuca, está la cara de Lord Voldemort. Quirrel hace reflejarse a Harry en el espejo. Al reflejarse en él, El Niño Que Vivió se ve con la Piedra Filosofal, y mágicamente y sin saber como ésta aparece en su bolsillo. Luego, Quirrell se saca su turbante y se da vuelta. En vez de su nuca, esta la cara de Voldemort. El Señor Tenebroso trata de tentar a Harry para que le dé la piedra, con promesas de poder, pero Harry no se deja vencer. Luego, Quirrell trata de arrebatarsela, pero Harry lo toca y ve que se empieza a quemar. Al final, Harry lo sigue tocando y Voldemort-Quirrell se hace cenizas. Luego se desmaya.
Se despierta en la enfermería y Dumbledore le dice que Quirrell murió, y Voldemort escapó. También el director había sido el que le había mandado la capa de invisibilidad a Harry.
Finalmente, el banquete de fin de año. Cuando Harry entra al Gran Comedor se encuentra con decoraciones verde y plata: Slytherin había ganado. Pero luego de agragarle a Harry, Ron y Hermione puntos, Gryffindor y Slytherin quedaron empatados. Finalmente, se le agregan unos pocos puntos mas a Neville por haber intentado detener al Trío. Gryffindor había ganado la Copa de las Casas
